ביום 2.7.1978, כשהיה בשירות מילואים ועסק בבניית שער כניסה לאזור מחסני צה"ל במחוז חיפה, ארעה לפתע התפוצצות עזה ויוחנן נפצע קשה. הוא הובהל לבית החולים רמב"ם במצב קשה ונפטר כעבור 10 ימים, ביום ח' בתמוז תשל"ח (12.7.1978), בן 43 במותו. יוחנן הובא למנוחת עולמים במושבו עין עירון. השאיר אחריו אישה, שני בנים ושתי בנות, אם ואח.
גלית: "הזיכרונות מאבי הם בעיקר מטיולים שעשינו בארץ. אבי מאוד אהב לטייל ולקח אותנו להרבה נחלים ותצפיות. בשעות אחר הצהריים הייתי מבלה איתו בשדות המושב ועוזרת לו בעבודות המשק".